Hài cốt của Giám mục Bá Đa Lộc được thờ ở Lăng Cha Cả cho đến hết thời nhà Nguyễn sang thời Pháp thuộc, rồi đến chính phủ Việt Nam Cộng hòa và Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam. Năm 1983, chính phủ Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam cải táng mộ phần, san bằng khu lăng cổ và trao di cốt lại cho lãnh sự Pháp đem hồi hương. Di cốt khi về lại Pháp được đem chôn trong nhà thờ Séminaire des Missions Etrangères, rue du Bac tại quận XV Paris.[17]